Viafrica heeft vijftig medewerkers verspreid over drie vestigingen in Nederland, Tanzania en Kenia en staat onder leiding van de algemeen directeur en oprichter Joost Dam.
Joost Dam vormt samen met Emmy Voltman het dagelijks management van Viafrica Nederland. Gezamenlijk leggen zij verantwoording af aan het bestuur van Viafrica en zijn verantwoordelijk voor de strategie en partnerschappen vanuit Nederland.
Viafrica Tanzania en Viafrica Kenia worden geleid door respectievelijk Thomas Munuo (Tanzania) en Peter Kinoo (Kenia). Zij zijn verantwoordelijk voor alle operationele activiteiten in Afrika. Zij en het management-team Nederland bepalen de strategie voor beide ict-centra.
In Kenia en Tanzania werken ongeveer 20 vaste medewerkers. De Nederlandse vestiging bestaat uit 25 vrijwilligers en 3 vaste medewerkers.